Jagiellonia awansowała po raz pierwszy do ekstraklasy w 1987 roku. Pierwszym spotykaniem w tej klasie rozrywek był mecz z Widzewem Łódź, 8 sierpnia 1987 roku, który zakończył się remisem 1:1. Obejrzało go prawie 40 tysięcy widzów. Drużyna z Białegostoku powróciła do Ekstraklasy w 2007 roku.
Największe sukcesy:
* 8. miejsce w I lidze (dwukrotnie)
* Puchar Polski: 1989 finalista Pucharu Polski (Jagiellonia – Legia Warszawa 2:5)





